南昌行营调查科是临时机构，使命完成后并入了戴笠的复兴社特务处。抗战爆发后，陈果夫、陈立夫主持的党务调查科改名为中国国民党中央委员会调查统计局，简称中统，戴笠主持的复兴社特务处改名为军委会调查统计局，简称军统，二者成为了蒋介石倚重的两大特务机构。二者的调查范围，是有着明确分工的。军统主要是负责军队方面，可以要求相关部队协助，但不能调动当地的警察。戴笠死后接管军统的是毛人凤。
国民党早期的特务机关是由三部分组成：1928年由陈果夫、陈立夫创立的党务调查科；南昌行营调查科，这是由邓文仪主持的，1933年为了第5次围剿中共设立的情报机构；还有复兴社特务处，这是1931年由黄埔学生建立的孝忠蒋介石的特殊机构，处长是戴笠。南昌行营调查科是临时机构，使命完成后并入了戴笠的复兴社特务处。
抗战爆发后，陈果夫、陈立夫主持的党务调查科改名为中国国民党中央委员会调查统计局，简称中统，戴笠主持的复兴社特务处改名为军委会调查统计局，简称军统，二者成为了蒋介石倚重的两大特务机构。二者的调查范围，是有着明确分工的。中统负责的是政务和党务，军统主要的是负责搜集军事情报。中统的目标主要是地方行政事务，它可以调动警察。军统主要是负责军队方面，可以要求相关部队协助，但不能调动当地的警察。
军统内部可分为三派，一派是以郑介明为首的广东派，二是以唐纵为首的湖南派，还有以毛人凤为首的浙江派。郑介明和唐纵是看不上戴笠的，他们认为在军统干事没有出息的，他们在1944年已经是中将了，戴笠到死才是一个少将。戴笠死后接管军统的是毛人凤。很多人被电视剧给蒙骗了，现实中军统的权力远远小于中统，连蒋介石本人都不能掌控所有的国民党部队，小小的一个军统能够强到哪里去。
只不过为了拍电视编故事的需要，让军统的曝光率直线上升，给人一种错觉罢了。军统其职权范围是军队，但军队的那些人是不好对付的，戴笠曾派人到中央军嫡系第二军蒋鼎文的部队中查访情况，结果被蒋鼎文直接拉出去毙了，理由是扰乱军心。蒋介石根本没有办法，更不要说李宗仁、阎锡山这些地方军阀了，军统更是没有办法。
