至此，八旗制度初步形成。八旗旗下的单位称为牛录，每个牛录有三百人，原则上每旗应有二十五个牛录。同时，努尔哈赤还明确表示自己去世后，由阿济格担任镶黄旗旗主，多铎担任正黄旗，另赐一旗给多尔衮。由于经过此次分配后，镶黄旗成了努尔哈赤唯一亲领的旗，所以镶黄旗也被称为头旗，并且在此后一直被称为八旗之首。努尔哈赤去世后，皇太极在众人拥护下继位。
八旗制度最初源于满人（女真人）的狩猎组织。最开始只有两个旗，分别是清太祖努尔哈赤所领的黄旗和努尔哈赤弟弟舒尔哈齐所领的黑旗。后来由于黑旗在夜间不便区分，所以就改成了蓝旗。
随着努尔哈赤势力的扩大，旗下人口不断增多，为了便于管理，于是又增添了一个白旗，由努尔哈赤长子褚英担任旗主。
后来，局势发生了重大变化。舒尔哈齐和褚英都相继获罪被处死。努尔哈赤将原来的三旗改为黄、白、红、蓝四旗。不久后，又在四旗的基础上增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗。至此，八旗制度初步形成。
八旗的第一代旗主分别是：努尔哈赤担任正黄旗、镶黄旗旗主；努尔哈赤次子代善和代善的两个儿子岳托、硕托担任正红旗、镶红旗旗主；努尔哈赤五子莽古尔泰担任正蓝旗旗主；努尔哈赤侄子（舒尔哈齐之子）阿敏担任镶蓝旗旗主；努尔哈赤八子皇太极担任正白旗旗主；努尔哈赤之孙（褚英之子）杜度担任镶白旗旗主。
八旗旗下的单位称为牛录，每个牛录有三百人，原则上每旗应有二十五个牛录。但是实际上，每旗的牛录数量都不一样，而且随时会调整。努尔哈赤在位时期，八旗牛录数量大致为：正黄旗四十五个牛录，镶黄旗二十一个牛录，正红旗二十五个牛录，镶红旗二十六个牛录，正蓝旗二十个牛录，镶蓝旗三十三个牛录，正白旗二十五个牛录，镶白旗十五个牛录。
天命八年（1623年），当时努尔哈赤已经六十多岁了。于是他将自己亲领的两黄旗大部分授予他和大妃阿巴亥所生的三个儿子，即阿济格（18岁）、多尔衮（11岁）、多铎（9岁）。当时正黄旗和镶黄旗经过调整，各自拥有三十个牛录。阿济格领正黄旗十五个牛录、多尔衮领正黄旗十五个牛录、多铎领镶黄旗十五个牛录，剩余镶黄旗十五个牛录依旧由努尔哈赤亲自统领。同时，努尔哈赤还明确表示自己去世后，由阿济格担任镶黄旗旗主，多铎担任正黄旗，另赐一旗给多尔衮。
由于经过此次分配后，镶黄旗成了努尔哈赤唯一亲领的旗，所以镶黄旗也被称为头旗，并且在此后一直被称为八旗之首。
努尔哈赤去世后，皇太极在众人拥护下继位。皇太极将镶白旗旗主改为他的长子豪格。同时，为了体现黄旗“国主之色”，皇太极将属于他们父子的两白旗和阿济格、多尔衮、多铎三兄弟的两黄旗进行对调。不过所改变的仅仅是名称和旗号，各旗旗主所统领的人事关系并没有改变。
天聪九年（1635），有人告发已经去世的原正蓝旗旗主莽古尔泰、德格类谋反，皇太极趁机剥夺了莽古尔泰、德格类一门的旗权，并调任豪格担任正蓝旗旗主，两黄旗则由他亲自统领。从此，八旗形成了上三旗和下五旗的格局。上三旗作为皇帝的亲兵，由皇帝直接统领。
清朝入主中原后，多尔衮成为满清第一号人物。小皇帝顺治（皇太极第九子）对他又恨又怕，无奈地尊称他为皇父摄政王。
顺治五年（1648年），多尔衮诬陷豪格，将其下狱。同时，他调任多尼（多铎次子）、阿济格顶替豪格成为正蓝旗旗主，而他自己则担任正白、镶白两旗旗主。此外，他还将正蓝旗调出上三旗，将自己的正白旗调入。此后，上三旗和下五旗未再变动。
多尔衮死后，顺治皇帝终于扬眉吐气对死后的多尔衮进行了清算，原来由多尔衮所领的两白旗也重新易主。正白旗作为上三旗之一，收归皇帝本人统领。镶白旗则由豪格之子富绶担任旗主。
此后，八旗的格局为：皇帝统领上三旗（正黄、镶黄、正白）；礼亲王（代善世系）统领正红、镶红两旗；肃亲王（豪格世系）统领镶白旗；豫亲王（多铎世系）统领正蓝旗；郑亲王（济尔哈朗，舒尔哈齐之子）统领镶蓝旗。
清初时期，旗主的权力还是非常大的。后来经过几代皇帝的不断分化，从清朝中期开始，八旗实际控制人都是皇帝本人了。
八旗之间原则上没有排名先后之分，也无实力强弱之分。八旗中的旗人在待遇上也没有任何差别，不存在上三旗旗人比下五旗旗人享有更多福利的情况。但上三旗包衣和下五旗包衣在待遇上差别巨大，前者是吃皇粮，后者是领王府俸禄。
此外，上三旗旗人比下五旗旗人拥有更多机会，比如皇宫内廷侍卫一般都是上三旗旗人才能担任。在上三旗中，头旗为镶黄旗而不是正黄旗。下五旗则完全没有先后之分。
