泌尿系统疾病是血尿的罪魁祸首。当然，血尿的病因并不局限于泌尿系统疾病。排尿开始时的段，称为起始段尿液;排尿将结束前一段，称为终末段尿液;而中间所排尿液，则称为中段尿液。在检查过程中，医生用三个清洁杯子分别留起始段、中段和终末段尿液进行观察，就是临床上所谓“尿三杯试验”。
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在排除假血尿与非血尿的情况后，进一步了解血尿的原因可以让我们更好地认识相关疾病。我们都知道，尿液由肾脏产生，途经输尿管、膀胱、尿道，最终被排出体外，因此任一泌尿系统部位的出血都可能混入尿液,导致血尿。
泌尿系统疾病是血尿的罪魁祸首。结石通常不是个“乖宝宝”，它常在移动时划伤尿路黏膜，引起出血。而炎症会使尿路黏膜充血、水肿，容易形成损伤性出血。结核分枝杆菌则经常侵犯尿路黏膜、黏膜下层，甚至肌肉层，导致溃疡形成，造成出血。泌尿系统的肿瘤就像“沉默者”。它们在早期常无明显症状，在晚期时则侵犯肾脏血管，当自身发生坏死时，才引起血尿。尤其对于中老年人，如果出现全程、无痛性的肉眼血尿，就需要特别注意排除患有泌尿系统恶性肿瘤的可能。
当然，血尿的病因并不局限于泌尿系统疾病。败血病、猩红热、钩端螺旋体病等感染性疾病，以及白血病、血友病等血液病都可能影响患者的凝血功能，导致泌尿系统出血。而系统性红斑狼疮、风湿性关节炎等免疫性疾病，则容易对肾脏产生急性或慢性的损害，从而导致血尿。至于心肌肥厚、心功能不全等心脏疾病，则可能导致肾脏的血液供应减少，造成肾功能不全，也可能出现血尿。此外，男性的前列腺、精囊，女性的输卵管、子宫等器官是尿路的“邻居”，如果这些器官有炎症，泌尿系统也容易受到侵犯，因而出现血尿。
正常人会有例外吗?有相当一部分正常人的尿常规也会显示有隐血。此外，在医学上平时运动量小的健康人群如果突然进行较大强度的运动，可能会出现暂时性血尿，甚至仅仅是单次出现，这称为运动性血尿。
为了更好地了解血尿的来源，临床工作中，医生会将尿液分为三段。排尿开始时的段，称为起始段尿液;排尿将
结束前一段，称为终末段尿液;而中间所排尿液，则称为中段尿液。在检查过程中，医生用三个清洁杯子分别留起始段、中段和终末段尿液进行观察，就是临床上所谓“尿三杯试验”。通过尿三杯试验，可将血尿分为以下三种:
1.初始血尿
若血尿出现在起始段尿液，则称为初始血尿。尿道的出血通常导致初始血尿。
2.终末血尿
如果发现血尿出现在终末段尿液，则称终末血尿，提示出血部位在膀胱颈部、三角区，或血液来源于后尿道的前列腺、精囊腺等器官。
3.全程血尿
所谓全程血尿，则是指起始段、中段和终末段尿液均有血尿出现，这提示出血可能源于肾脏或输尿管、膀胱。
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